O CINEL celebrou com a Faculdade de Ciências e Tecnologias (FCT) da Universidade Nova de Lisboa um protocolo no âmbito dos Cursos de Especialização Tecnológica que permite o prosseguimento de estudos no Mestrado Integrado em Engenharia Eletrotécnica e Computadores e no Mestrado Integrado em Engenharia Informática.
Os formandos que optarem pelo ingresso nestes cursos têm garantidas equivalências a algumas unidades curriculares num conjunto muito significativo de créditos concedidos por aquela Faculdade que vão de 1 a 5 Unidades Curriculares (ver tabela), facto que constitui uma prova inequívoca do reconhecimento da qualidade da formação ministrada pelo CINEL.